1.遵循自然規律原則。要立足于保護生態系統的動態平衡和良性循環，堅持人與自然的和諧相處;要針對造成水生態系統退化和破壞的關鍵因子，提出順應自然規律的保護與修復措施，充分發揮自然生態系統的自我修復能力。

2.社會、經濟現實可行原則。從經濟社會發展的實際出發，確定合理適度、現實可行的水生態保護和修復目標。

3.保護水生態系統的完整性和多樣性原則。不僅要保護水生態系統的水量和水質，還要重視對水土資源的合理開發利用、工程與生態措施的綜合運用。水生態系統具有獨特性和多樣性，保護措施應具有針對性，不能完全照搬其他地方成功的經驗。管理工作要與水功能區要求充分結合。

4.水生態系統保護與修復工作長期性原則。水生態系統的保護和修復工作要長期堅持不懈，將水生態系統保護的理念貫穿到水資源規劃、設計、施工、運行、管理等各個環節，成為日常工作的有機組成部分。

水生態系統保護與修復工作的總體目標是:通過水資源的科學規劃、合理配置、節約、高效利用，采用水土保持等各種水生態系統保護或修復措施，長期保持全國水生態系統的健康狀況，遏止局部水生態系統失衡趨勢，促進其良性循環。通過水生態系統保護與修復工作，建立水生態系統保護與修復工作的的管理體系、技術體系和工作制度。

水生態系統保護與修復工作近期目標是:選擇不同類型的水生態系統，開展保護或修復試點工作，探索和總結水生態系統保護與修復的工作經驗，為全面開展水生態系統保護與修復工作提供借鑒;提出水生態系統保護與修復工作的指導意見和技術原則。